O superutilizador/DBA principal em MySQL denomina-se root (em Oracle é o utilizador SYS). Em MySQL uma base de dados é gerida de uma forma lógica e é o SGBDR que trata do armazenamento físico. O trabalho em SQL é controlado pela componente "MySQL Monitor" (em Oracle quem trata disso é o PL/SQL). A partir da versão 5.6 o MySQL já inclui a capacidade de processar XML.
Em MySQL é possível trabalhar com vários motores de base de dados, mas o único que assegura as propriedades transaccionais ACID é o InnoDB. Para além desse aspecto o motor InnoDB é o único que garante a regra de integridade referencial, e do protocolo X/Open XA para o processamento distribuído de transacções. O InnoDB é o motor por defeito em MySQL.
